Prvá ranobaroková stavba na Slovensku patrí k najkrajším v Európe. Postavili ju talianski architekti Pietro a Antonio Spazzovci.
Tvorila súčasť univerzitných budov. Skvostom interiéru je pôvodný celodrevený hlavný oltár z roku 1640, vysoký 20,3 m a široký 14,8 m. Oltár je bohato zlátený a polychromovaný, tvoria ho tri oltárne obrazy, 27 sôch svätých Starého a Nového zákona v nadživotnej veľkosti a viacero malých. Hlavným oltárnym obrazom je Krst Ježiša Krista, na ktorý nadväzujú ďalšie scény zo života sv. Jána Krstiteľa v kartušiach na klenbe kostola.
Pod kostolom je krypta, v ktorej sú pochovaní členovia Spoločnosti Ježišovej a rodina palatína Mikuláša Esterháziho. Od roku 1977 je katedrálou Trnavskej arcidiecézy. V roku 2003 ju navštívil Svätý Otec Ján Pavol II.
